MRI 진단은 진단적 가치가 타 진단방법(CT 등)보다 유용한 경우 우선 시행함을 원칙으로 하되, 타 진단방법으로 판단이 어려운 경우에는 2차적으로 시행함을 원칙으로 하며, 질환별 급여기준은 다음과 같습니다. 급여기준에 해당하지 않는 질환(예 : 척추질환, 관절부위 등)은 보험적용이 되지 않습니다.
 1. 적용질환
  (1) 암
    o 원발성 암(부위별) : 뇌종양, 두경부암, 연조직 육종 및 골 육종, 척추(척수)를 침범한  경우, 생식기관암
    o 전이성 암 (원발종양에 관계없이 전이 혹은 침범된 부위별) : 뇌, 척추(척수), 연조직 및 골, 생식기관
    o 타 진단방법 이후 2차적으로 시행한 경우 : 간암, 담낭암, 췌장암, 요로계암, 내분비샘암, 직장암 등
    o 폐, 위, 소장, 대장, 유방 부위의 원발성 암 진단 시 : CT 등 타 진단방법을 우선 시행하고, 진료담당의사가 필요하다고 판단하여 MRI를 2차적으로 시행할 필요가 있는 경우 소견서 첨부
  (2) 뇌양성 종양 및 뇌혈관 질환
    o 두개강내 양성종양(대뇌낭종포함)
    o 뇌혈관 질환 : 뇌경색, 두개강내출혈(만성기), 기타 뇌혈관 질환
    o 타 진단방법 이후 2차적으로 시행한 경우 : 두개골의 양성 신생물, 두개강내출혈(급성기) 등
  (3) 간질, 치매, 뇌염증성질환 등
    o 간질(단순 열성경련, 전형적인 소발작은 제외)
    o 중추신경계통의 탈수초성 질환 및 퇴행성 질환
    o 다발성 경화증
    o 중추신경계의 염증성 질환(낭미충증포함)
    o 경증, 중등도 치매
    o 파킨슨병, 수두증, 신경계의 기타 선천 기형
  (4) 척수손상 및 척수질환
    o 척수손상, 척수종양(척추강내종양)
    o 혈관성 척수병증 (척수경색, 척추동정맥기형, 척수내정맥염 등)
    o 척수에 발생한 탈수초성 질환(급성 횡단성 척수염 등)
    o 척수의 염증성 질환 (척수염, 척수내농양 및 육아종, 기생충 등)
    o 척수기형 (척수공동증, 구공동증 등)
2. 인정횟수
  (1) 진단시 1회 인정하되, 진료상 추가촬영의 필요성이 있는 경우 별도 인정
  (2) 추적검사 
    o 수술후(중재적시술 포함) : 1개월 경과 후 1회
    o 방사선치료 후(뇌정위적방사선수술 포함) : 3개월 경과 후 1회
    o 항암치료중 : 2-3주기(cycle) 간격
    o 위 항 이후의 장기추적검사
    - 양성종양 : 매1년마다 1회씩 2년간, 그 이후부터 매2년마다 1회씩
    - 악성종양 : 매1년마다 2회씩 2년간, 그 이후부터 매2년마다 1회씩
    - 수술, 방사선 항암 치료 등을 시행하지 않은 종양, 뇌혈관질환의  경우는 위 양성종양의 장기추적검사와 동일하게 적용
    o 위 기준 이외에 진료상 추적촬영의 필요성이 있는 경우 인정(소견서 첨부 시)
      (고시 제2005-61호  2005.9.15 시행)